Proovisin installida gromacse 5.1.1 homebrew'i kaudu, kõiki käske ei leita

1. Kuidas installida Gromacsi uusim versioon?
2. Kuidas Gromacsi alla laadida ja installida?
3. Kuidas installida Gromacs Windows 10-sse?
4. Kuidas käivitada Gromacsi Linuxis?
5. Mis on Gromacsi uusim versioon?
6. Kuidas kontrollida Gromacsi versiooni?
7. Kuidas installida Gromacs?
8. Kuidas alla laadida ja installida Cmake?
9. Kuidas installida Gromacs GPU toega?
10. Kuidas alla laadida Gromacsi Linuxis?
11. Kuidas te Gromacsi kasutate?
12. Kuidas desinstallida Gromacs Linux?

Kuidas installida Gromacsi uusim versioon?

Teise võimalusena saate alla laadida ja lahti pakkida GROMACS-i regressioonitesti komplekti https: // ftp.gromakid.org / regressioonitestid / regressioonitestid-2021.2.tõrv.gz tarball ise ja määrake pakendamata tarballi tee määramiseks täpsem cmake-suvand REGRESSIONTEST_PATH, mida seejärel testimiseks kasutatakse.

Kuidas alla laadida ja installida Gromacs?

Teise võimalusena saate alla laadida ja lahti pakkida GROMACS-i regressioonitesti komplekti http: // gerrit.gromakid.org / download / regressioonitestid-2020.tõrv.gz tarball ise ja määrake pakendamata tarballi tee määramiseks täpsem cmake-suvand REGRESSIONTEST_PATH, mida seejärel testimiseks kasutatakse.

Kuidas installida Gromacs Windows 10-sse?

Menetlus

1. Laadige alla GROMACSi lähtekood ja pakkige kuskil pakk lahti.
2. Käivitage CMake GUI.
3. Valige lähtekoodi kataloog jaotises "Kus on lähtekood" ...
4. Tehtud GROMACSi paigutamiseks jaotisse "Kuhu binaarkaardid üles seada" määrake muu asukoht ...
5. Klõpsake nuppu Konfigureeri. ...
6. Konfigureerimine peatub, kuna see ei leia FFTW-d.

Kuidas käivitada Gromacsi Linuxis?

Käivita sisendfail (.

Järgmine samm on ühendada molekulaarne struktuur (gro-fail), topoloogia (ülemine fail) MD-parameetrid (mdp-fail) ja (valikuliselt) indeksfail (ndx), et genereerida käivitatud sisendfail (laiendus tpr). See fail sisaldab kogu teavet, mis on vajalik GROMACS-iga simulatsiooni alustamiseks.

Mis on Gromacsi uusim versioon?

GROMACS

Kuidas kontrollida Gromacsi versiooni?

Sisestage lihtsalt terminali "pdb2gmx", et saaksite teada kogu vajaliku teabe.

Kuidas installida Gromacs?

Teise võimalusena võite alla laadida ja lahti pakkida GROMACS-i regressioonitesti komplekti http: // gerrit.gromakid.org / download / regressioonitestid-5.1.4.tõrv.gz tarball ise ja määrake pakendamata tarballi tee määramiseks täpsem cmake-suvand REGRESSIONTEST_PATH, mida seejärel testimiseks kasutatakse.

Kuidas alla laadida ja installida Cmake?

II - CMake'i installimine

Laadige alla Windows (WIN32 installer). Saate faili nimega cmake-version-win32-x86.exe. Käivitage see ja järgige installiprotsessi. Valige kindlasti suvand Lisa CMake süsteemi PATH.

Kuidas installida Gromacs GPU toega?

CUDA tööriistakomplekti allalaadimine

Nüüd vali siit oma süsteemile vastav CUDA tööriistakomplekti uusim versioon. Laadige kohaliku käivitusfaili alla järgmise käsuga. Käivitusfail sisaldab kõiki olulisi komponente, mis tuleb installida. Valige kataloog, kuhu soovite installeri alla laadida.

Kuidas alla laadida Gromacsi Linuxis?

1. Alustamine. Kui olete värskelt installinud Ubuntu, ärge unustage oma süsteemis oma hoidla teavet ja tarkvarapakette värskendada. ...
2. Paigaldamine. Esimene samm Gromacsi installimisel on cmake hankimine. Tippige terminali: sudo apt-get install cmake. ...
3. Lihtne meetod. ...
4. Regulaarne paigaldamine.

Kuidas te Gromacsi kasutate?

GROMACSi algseadistustööriist kasutab PDB sisendit kolme faili loomiseks, mida on vaja MD simulatsiooniks.
...
Seadistamine

1. luua topoloogiafail.
2. teisendada PDB valgu struktuur GRO-failiks, mille struktuur on keskel simulatsioonikastis (ühikrakk)
3. luua positsiooni piiramise fail.

Kuidas desinstallida Gromacs Linux?

Selle paketi desinstallimiseks saate hõlpsalt kasutada apt-käsku ja eemaldada paketi Linuxi operatsioonisüsteemist. See eemaldab gromacid ja kõik neist sõltuvad paketid, mida süsteemis enam vaja pole. Ülal olev käsk eemaldab kõik konfiguratsioonifailid ja paketiga gromacs seotud andmed.